Что такое промоутер: кто это такой, чем занимается и карьерный рост

Содержание

Кто такой промоутер? Секреты профессии. Услуги промоутера в Киеве

Услуги промоутера в Киеве

При проведении промо акций ключевая задача отводится человеческому фактору. В качестве специалистов нанимаются промоутеры. Промоутер – это человек, который должен заинтересовать конечного потребителя в рекламируемом товаре или услуге, повысить репутацию бренда, наладить контакт с покупателями.

Название профессии происходит от англ. «to promote», то есть, продвигать.

Сегодня услуги промоутера требуются при раздаче рекламных листовок, организации дегустаций, презентаций.

Увидеть промоутера в Киеве можно в любом магазине, на различных общественных мероприятия, даже просто посреди улицы. Это действительно популярная профессия, на специалистов в которой есть постоянный спрос.

Что делают промоутеры?

Легкая на первый взгляд работа промоутером, на самом деле, связана с немалой психологической нагрузкой.

Промо персонал часто сталкивается с негативной реакцией аудитории. Это должны быть морально устойчивые люди, способные эффективно бороться с возражениями, выходить из конфликтных ситуаций. В обязанности промоутеров может входить:

Раздача полиграфической рекламной продукции, флаеров, приглашений, пробных образцов (семплинг).
Организация разнообразных социальных опросов, анкетирование целевой аудитории.
Общение с клиентами. Презентация товара/услуги/бренда.
Участие в конференциях, выставках, промоутер на дегустацию.
Проведение розыгрышей призов, лотерей среди покупателей.
Организация и участие в массовых маркетинговых мероприятиях.

Кто может стать промоутером?

Профессия промоутера невероятно требовательна не только к наличию психологических навыков, но и к внешнему виду. Поскольку такой сотрудник будет лицом рекламируемого бренда или магазина, заказчик всегда хочет видеть молодых, красивых людей. Часто стать промоутером может только соискатель в возрасте от 18 до 25-30 лет. Специфика устраиваемой промо акции может потребовать участия только девушек или, наоборот, парней.

Бывает необходимость в наличии некоторых внешних данных.

К примеру, для презентации спортивных товаров необходимы молодые люди крепкого телосложения, при рекламировании косметики – симпатичные девушки.

Иногда стать промоутером может и взрослый человек. Допустим, презентация нового автомобиля лучше пройдет под руководством представительного мужчины 30-40 лет.

Будущие специалисты проходят специальные тренинги по улучшению своих коммуникационных навыков, тренировки манеры речи, изучению психологии покупателей. Эффективность любой промо акции зависит именно от качества подготовки кадров, а потому любая рекламная компания подбирает персонал очень тщательно и серьезно.

Почему так много желающих работать промоутером?

Необходимость в продвижении товара – это временная рекламная кампания, которая может занимать от нескольких часов, до дней. Потому и персонал подбирается под конкретную задачу, будь то отдельная презентация или раздача листовок в течение рабочей недели. Профессия привлекает большое число студентов, у которых имеется по 2-3 часа свободного времени и огромное желание подзаработать. Это неплохой способ заработка для молодых мам в декрете или людей, находящихся в поиске основной работы.

Тем не менее, профессия промоутер может стать и основным, довольно неплохим источником заработка.

Огромным спросом всегда пользуются промоутеры-аниматоры или сотрудники, владеющие иностранными языками на разговорном уровне. Их заработная плата может быть выше в несколько раз, чем у обычных промоутеров.

Кто такой промоутер и чем он занимается?

Фото: Depositphotos

Названия многих профессий заимствованы из других языков. Одна из таких профессий — промоутер. Кто такой промоутер и что он делает?

Кто такой промоутер?

Наверняка вы встречали на улице приветливых молодых людей, предлагающих рекламные флаеры. Тогда вы уже знаете, кто такой промоутер. Это человек, рекламирующий продукт или услугу. Их цель — заинтересовать потенциального клиента в приобретении продукта. Это не высококвалифицированные маркетологи, а обычные люди, временно подрабатывающие рекламой товаров.

Что значит промоутер? Название исходит от английского глагола to promote, означающего ‘продвигать’. Наиболее близкая по обязанностям специальность — продавец. Промоутер рекламирует, хвалит, иногда дает образцы товара, но не продает его. Не впихивает товар клиентам, а стимулирует купить его.

Промоутер: чем он занимается

Что делает промоутер? Он приветливо настроен, улыбается, устанавливает зрительный контакт с потенциальными клиентами, заводит непринужденный разговор и проводит консультацию. Звучит просто, но это не так. Промоутеры разговаривают с разными людьми, у каждого из которых свое расположение духа. Они стрессоустойчивы, вежливы и терпеливы в любых обстоятельствах.

Кто такой промоутер? Где нужны промоутеры? | Creon – BTL-агентство полного цикла

Часто задаваемый вопрос кто же такой промоутер и для чего он нужен? Основное направление — это целенаправленная реклама товара или услуг.

Вы наверняка часто видели в городе людей в тематических костюмах, какого-нибудь белого медведя или панду, которые предлагают вам взять листовку -рекламируя тем самым тот или иной товар или услугу. Да, это примитивный пример, но реальный. И который, бесспорно, отложился у вас в подсознании. Задача промоутера продвигать продукцию и заинтересовать потребителя.

Что делает промоутер?

Казалось бы, что профессия эта довольна проста, тем более, что для нее не нужно высшее образование, опыт или сверхъестественные навыки. Просто раздавать листовки пли предлагать что-то купить, или попробовать, но это лишь на первый взгляд.

Человек, не знающий продукт, который, рекламирует не сможет его эффективно продвинуть. Для этого, нужно хорошо ознакомиться с предлагаемым продуктом, дабы, не ударить лицом в грязь перед потребителем. Часто в работу промоутера входят статистические опросы дабы собрать нужную информацию. Чаще всего таких людей можно встретить в людном месте, к примеру супермаркет или около крупного торгового центра. Главная задача промоутера продвижение и конкретного бренда, товара, услуги. Человек, ведущий деятельность как промоутер-консультант должен посещать обучающие курсы и тренинги, и уметь контактировать с целевой аудиторией. Зачастую, он должен знать наизусть рекламные тексты и завлекающие лозунги.

Где нужны промоутеры?

Человек такой специальности понадобится для тех, кто хочет больше зарабатывать и развивать свой бизнес. Практически, в любой сфере понадобится промоутер с ответственным подходом к работе. Когда открывается новое предприятие, запускается новый проект, продукт или, когда компании нужно себя зарекомендовать, то услуги промоутера необходимы. Очень часто привлекаются промоутеры на табачные или алкогольные проекты, которые достаточно высоко оплачиваются. И вполне возможно, что данная подработка может стать стабильным заработком. Задача каждого промоутера выполнить поставленный план и правильно распланировать свое время. Взамен он получает хорошую заработную плату, что за частую является мотивацией в работе.

Промоутеры. Кто такие промоутеры и чем они полезны?

В данной статье мы расскажем, кто такой промоутер, каковы его обязанности, и для кого предназначена такая работа.

Промоутер, мерчендайзер, супервайзер

Новый век принес массу новых названий профессий, что для людей старой закалки кажется достаточно смешным и нелепым. обязанности промоутера. Например, все модные магазины называют уборщиц менеджерами по хозяйственной деятельности. То же самое касается промоутеров. Что обозначает это слово, да и вообще – кто такой промоутер? Как несложно догадаться тому, кто владеет английским языком, слово «промоутер» – производное от английского «promote», то есть «продвигать, толкать посредством рекламы». Это не случайно, ведь промоутер – это основная «действующая сила» в продвижении товара и стимулировании спроса. Эта профессия появилась относительно недавно, что не удивительно, ведь раньше не было такого огромного предложения товаров от производителей всего мира. Сейчас же, когда прилавки магазинов завалены продукцией, производителю просто необходимо «заставить» вас купить свой товар. И помогают ему в этом незаметные покупателю посредники. Вот кто такой промоутер.

Чтобы понять, как происходит продвижение товара, нужно разобраться, в чем состоят обязанности промоутера. Эти вежливые, специально обученные люди посредством правильных текстов (которые обычно пишутся психологами) чаще всего работают на точке продаж. Где именно, зависит от того, что промоутер продвигает – это может быть магазин, оптовая или розничная торговая точка, выставочный центр. Когда появляется потенциальный покупатель, целью промоутера является привлечь его внимание, выявить потребность и подтолкнуть к продаже товара. Это и есть основные обязанности промоутера, основополагающие его работы. Если вы думаете, что промоутер будет грубо навязывать вам «свою» продукцию, это ошибка.

Безусловно, встречаются и такие люди среди промоутерской братии, но это значит, что его не обучили как следует, и человек попросту не знает своей работы. Опытный промоутер никогда не покажет своей заинтересованности в приобретении вами конкретной продукции. Он настолько красиво и искусно распишет ваши выгоды от покупки определенного товара, что вы сами с восторгом купите то, на что вам укажут. А это значит, что промоутер сделал то, за что ему платят зарплату.

Какие бывают промоутеры? Не секрет, что в продвижении нуждается не только товар в магазинах. Разобравшись, кто такой промоутер, теперь рассмотрим, какие есть разновидности этой работы:

консультации в торговых точках;
раздача листовок, бесплатных образцов продукции;
выдача подарков за покупку товара;
проведение дегустаций;
опрос и анкетирование покупателей с целью выявления потребительских предпочтений; — розыгрыш призов, подарков;

проведение праздников или шоу для привлечения внимания потребителей к торговой марке.

Человек, который продвигает, – вот кто такой промоутер. А так как продвигать товар можно разными способами, то и промо-акций существует огромное множество. Они оплачиваются по-разному, в зависимости от компании, и того, что входит в обязанности промоутера. Изучив обязанности промоутера, читатель понимает, что, пожалуй, справился бы с такой работой. И эти мысли не случайны, ведь промоутером действительно может стать почти любой. В данном случае чаще всего не имеет значения пол, возраст, социальный статус, образование. Вы должны быть взрослым и совершеннолетним. В общем-то все. Для того чтобы продвигать товар, не нужно никаких особых навыков, а слова правильного текста и то, как нужно подходить к покупателю, вам подскажут. Чаще всего на работу промоутера соглашаются студенты – ведь такая работа не требует занятости на весь день, работать нужно около 4-5-ти часов во время наибольшего наплыва посетителей. Понятное дело, что людей в магазинах больше всего в вечернее время в будние дни (после работы) и утром в выходные.

Кроме того, промоутером можно работать мамочке в декрете, временно безработным. Конечно, же агентство отбирает наиболее симпатичных и сообразительных. И если у клиента стоят заданные требования профайла, то агентство подбирает подходящих кандидатов из базы.

промоутер, мерчендайзер и супервайзер — Work.ua

Промоутер, мерчандайзер, супервайзер — три основных специалиста, которые трудятся на ниве BTL-маркетига. Несмотря на то, что профессии эти сегодня весьма распространены, многие люди слабо представляют себе, кто это такие и чем они занимаются.

Начать нужно с того, что такое BTL. Авторство термина BTL принадлежит одному из руководителей компании Procter&Gamble, который утверждал маркетинговый бюджет на будущий год. В смету расходов были включены все традиционные средства продвижения — реклама в прессе, на телевидении и т.

д. Маркетологи подвели черту под окончательной суммой, но тут вспомнили, что не учли затраты на раздачу бесплатных образцов и прочие акции по продвижению товара. Пришлось вписывать эти цифры ниже, то есть, под чертой. С тех пор традиционную прямую рекламу называют ATL — above the line (над чертой), а все остальные методы стимулирования сбыта — BTL — below the line (под чертой). Стимулированием сбыта с помощью этих самых «остальных» методов и занимаются промоутеры, мерчендайзеры и супервайзеры.

Промоутер — это специальность низшей ступени в цепочке занятых в BTL-маркетинге. Но это не значит, что его работа не является важной и нужной. Именно от грамотных действий промоутеров во многом зависит успех любой программы продвижения.

Вот основные виды работы, на которые привлекают промоутеров:

раздача листовок, рекламных материалов.
дегустация продукции.
выдача подарков за покупку.
консультирование покупателей по поводу конкретного товара и т. д.

Промоутеры чаще всего работают в специализированных агентствах, на условиях сдельной оплаты. Или самостоятельно — на несколько разных компаний. Чаще всего промоутерами подрабатывают студенты. Это слишком нестабильный и неравномерный заработок, чтобы сделать его своим основным источником дохода. Компании редко держат в своем штате промоутеров, так как они не требуются постоянно. Необходимость в их услугах возникает в рамках какой-либо акции на определенное время. Поэтому предприятиям выгоднее обращаться в агентства или нанимать людей на временную работу.

Конечно, любому промоутеру необходимы коммуникативные навыки. Ему необходимо грамотно отвечать на вопросы и деликатно выходить из конфликтных ситуаций, если таковые возникают. Не помешают и организаторские способности: необходимо так организовать себя и свою команду, чтобы не возникало заминок и задержек. Быстрая реакция и мобильность, ответственность, хорошая память и умение работать в команде — также то, без чего не обходится ни один хороший промоутер.

Перед началом работы компании проводят специальные тренинги, на которых промоутеры получают необходимые сведения о продвигаемом товаре (услуге), его характеристиках, преимуществах, целевой аудитории, конкурентах и т.п. А в серьезных агентствах для промоутеров организуют специализированные тренинги по теории стимулирования продаж, преодолению возражений, развитию актерских навыков.

Требования к кандидатам в промоутеры весьма демократичны: возраст — от 18 (реже от 16) до 30 лет, в основном, необязательно наличия высшего образования. Условия работы чаще всего таковы: свободный график, 3-4 часа работы в день.

Мерчендайзер

Мерчендайзинг (от английского merchandise — товары) дословно переводится как «искусство торговать». Фактически это целый комплекс мероприятий, которые проводятся в торговом зале с целью увеличения продаж и активного продвижения того или иного продукта. Соответственно, мерчендайзер — это специалист по продвижению товара в торговых точках розничной торговли.

Эта профессия появилась в 30-е годы ХХ века в США. Американская маркетинговая ассоциация определяет мерчендайзинг как «планирование продвижения правильного товара в правильном количестве в правильное время в правильном месте по правильной цене». Другими словами, для того чтобы покупатель воспринимал предлагаемый товар как «правильный», а значит, нужный, и существует система мерчендайзинга.

На практике деятельность мерчендайзера включает в себя четыре основных направления:

Выкладка товара в торговой точке.
Обеспечение торговых точек, где представлен товар, фирменными рекламоносителями, листовками, специальными плакатами, декоративными элементами с логотипом компании и т. д.
Торговое оборудование. Многие компании предлагают магазинам собственные фирменные полочки, стеллажи, полки.
Работа с продавцами. Задача мерчендайзера состоит в том, чтобы продавец выгодно представлял именно его товар.

В обязанности мерчандайзера входит также контроль наличия товаров на складе, а иногда и отслеживание цен конкурентов.

Требования к кандидатам на место мерчандайзера тоже демократичны, но их все-таки больше, чем к промоутеру. Возраст, как правило, — от 20 лет. Желательно наличие высшего образования и знание основ мерчандайзинга. Во многих компаниях обязательным требованием к кандидату является наличие водительских прав и личного автомобиля. В последнее время предпочтение чаще отдают кандидатам-мужчинам, ведь им проще доставлять и разгружать товары и промоматериалы. Хороший мерчендайзер должен обладать эстетическим чувством, азартом и смелостью в принятии решений.

Работа промоутером и мерчендайзером — это старт карьеры в области продаж. Эти специальности не относится к специальностям на всю жизнь. Обычно, поработав некоторое время, люди продвигаются дальше: в супервайзеры, сотрудники отдела маркетинга или менеджеры по продажам.

Супервайзер

Супервайзер в переводе с английского означает «наблюдатель» (supervise — наблюдать, контролировать). Супервайзер в BTL-маркетинге — это человек, который руководит группой промоутеров и мерчандайзеров. Как правило, супервайзером становится человек, уже работавший промоутером или мерчандайзером, знающий специфику работы изнутри.

Это комплексная профессия: в ней сочетаются специальности учителя, тренера, продавца, аналитика, экономиста и многих других. Поэтому к кандидатам на эту должность обычно предъявляются достаточно высокие требования требования: возраст — от 23-25 лет, высшее образование, опыт работы от 1 года, в большинстве случаев, наличие автомобиля. Для супервайзера очень важны лидерские качества и умение грамотно организовать работу группы. Следовательно, человек, работающий на этой стезе, должен обладать высоким профессионализмом в подборе кадров и хорошей интуицией. Ведь формирование команды — это главный момент, без этого не добиться основной цели — увеличения продаж.

Идеальным считается кандидат, обладающий также навыками планирования и системным мышлением — умением видеть ситуацию в целом и прогнозировать ее развитие. Нужно отлично знать структуру и технику продаж, уметь вести переговоры, знать специфику рынка и основы мерчандайзинга. Ему должны быть присущи такие личные качества, как коммуникабельность, наблюдательность, стрессоустойчивость, требовательность, способность работать в напряженном режиме.

Доход супервайзера складывается, как правило, из фиксированного оклада и процентов от продаж его группы. Многие работодатели предоставляют своим сотрудникам в пользование служебный сотовый телефон или берут на себя определенную часть затрат при пользовании личным аппаратом, также выдаются компенсации за использование в работе своего личного автомобиля или оплачивается проездной на общественный транспорт.

Обычно агентства, рекламно-маркетинговые компании или компании-дилеры товаров сами проводят специальные тренинги для новых сотрудников, обучают их основам профессии, ориентируясь на западный опыт.

Источник: pmoney.ru

Чтобы оставить комментарий, нужно войти.

Кто такой промоутер? | Про профессии.ру

Промоутер — это специалист по рекламе и продаже товара или услуги, человек который способен убедить покупателя что данный товар или услуга ему просто необходима. Именно поэтому промоутеры должны иметь презентабельную внешность, четкую речь, умение всегда подобрать слова, а так же обладать очень хорошей памятью и умением быстро среагировать в любой ситуации, найдя оптимально правильный выход. При этом не обязательно иметь высшее образование или заканчивать какие-то специальные курсы, человек может научиться этому самостоятельно.

Итак, что же входит в обязанности промоутера, об этом вы можете прочитать на http://fb.ru/article/100253/vyi-znaete-kto-takoy-promouter-i-chto-on-delaet.

Средний возраст промоутера 18-30 лет, так как по статистике, молодые представители компаний вызывают у клиентов больше доверия и к их словам больше прислушиваются.

Заработная плата промоутера складывается из большого количества факторов, которые обычно обговариваются заранее, во время приема на работу или описываются в трудовом договоре. Зачастую график работы свободный, приблизительно 3-4 часа в день. Но при желание данное время может быть увеличено или уменьшено.

Внешний вид промоутера играет огромную роль как для клиента, так и для работодателя. Молодые люди с модельной внешностью зачастую получают более высокую зарплату и их направляют к более требовательным клиентам или на более крупные презентации. Если промоутер готов работать в вечернее или ночное время, это так же сильно повлияет на его заработную плату.

Если человек не уверен в своих способностях, то ему необходимо пройти тренинг, в котором ему подробно объяснят, как себя вести, как лучше предлагать товар, а так же проведет курс актерского мастерства, для облегчения работы и большего раскрепощения.

Работа промоутера может быть разнообразной. Проведение презентаций, консультации покупателей на счет товара, проведение конкурсов и лотерей, а так же проведение массовых мероприятий. Именно поэтому промоутеры должны быть раскрепощенными и уметь держать контроль над любой ситуацией.

Зачастую, даже крупные компании не имеют штатных промоутеров, так ка не нуждаются в их услугах постоянно, а при необходимости существует множество агентств, в которые можно обратиться и набрать необходимое количество промоутеров на проведение какого-либо мероприятие. Причем там люди будут уже подготовленными как проведению мероприятию, так и к нештатным ситуациям.

К самым же простым обязанностям промоутеров относится раздача рекламных листов, на эту работу зачастую привлекаются студенты или даже школьники во время каникул, так как работа не сложная. Правда и оплата у данного вида промоутеров самая низкая. А вот уже человеку плакату, или человеку в костюме, платить будут немного больше и он тоже является промоутером, так как помогает в продвижение товара.

должностные обязанности и особенности работы

Также в этом номере журнала «Мобильная Торговля» №85, 08/2019:

Обычно промоутерами становятся те, кому нужны деньги и важен относительно свободный график: студентки и молодые мамы. Большинство из них работает на акциях время от времени. Отсюда возникает текучка, ротация, регулярные обновления состава. Прежде чем вы решите сотрудничать с ними напрямую, без помощи агентств, хорошо оцените свои задачи и ресурсы.

Если вы проводите пару акций в полугодие, то и браться за организацию своей службы не стоит. В этом случае услуги самого дорогого агентства обойдутся дешевле, чем суета в вашем офисе, потеря времени штатного персонала и расходы на размещение объявлений.

Если же потребности в промоутерах действительно велики и постоянны (две-три активности в месяц), то подумать о своей службе промоутеров разумно. Главное, чтобы было желание, терпение и свободное время сотрудника, ответственного за проведение акций.

Промоутер начинает работать над конкретной BTL-акцией задолго до выхода в торговую точку. Прошедшие кастинг проходят тренинг, во время которого изучают основные свойства продвигаемого продукта. Если планируется предлагать широкую линейку продуктов, тренинги могут длиться до двух недель. После такой подготовки промоутеры начинают настолько хорошо разбираться в продукции рекламируемого бренда, что на время акции выполняют функции продавцов.

Должностные обязанности промоутеров

Промоутер отрабатывает на предложенном проекте или заранее (за 48 часов до начала проекта) предупреждает о заменах. Он должен посещать тренинги, кастинги, коррекционные тренинги, назначаемые сотрудниками агентства. Всегда отвечать на звонки проект-менеджера, супервайзера. До начала работы познакомиться с супервайзером (обменяться телефонами), связаться с напарником. Приезжать в первый рабочий день за 1 час до начала рабочего времени, в остальные дни — за 40 минут.

Ежедневно при себе иметь: паспорт, медицинскую книжку, заполненную доверенность, инструкцию о продукте, работающий контактный телефон. Сообщать супервайзеру о готовности за 30 мин. до официального начала рабочего дня. В магазине найти старшего менеджера зала или администратора и посоветоваться с администрацией магазина о местоположении стойки. Переодеться. Отклонения по форме не допускаются. Проверить наличие расходного и промооборудования (при отсутствии POSM связаться с супервайзером или менеджером проекта и сообщить о проблеме). Подготовить все необходимое для начала работы. Повторить промотекст и информацию по продукту. Занять рабочее место и начать работать за 5 минут до официального времени старта, а заканчивать через 5 минут после завершения. Если по какой-то причине сотрудник не может начать вовремя, необходимо связаться с супервайзером.

Промоутер должен строго следовать механике акции. Знать текст рекламного обращения и необходимых фраз наизусть. Контактировать с каждым представителем целевой аудитории (в индивидуальных случаях не только с целевой аудиторией). Проявлять активность на рабочем месте, привлекать покупателей. Выполнять ежедневные нормы по продажам, вести учёт промотируемой продукции. Сообщать обо всех непредвиденных ситуациях на проекте супервайзеру. В зависимости от механики акции правильно оформлять и убирать рабочее место. Заранее информировать супервайзера о недостаточном количестве расходных материалов или дегустационной продукции на текущий день.

Сколько промоутеров необходимо для проведения промо-акции

Сначала надо определиться, сколько и какого уровня промоутеров компании необходимо иметь. Полученную сумму приготовьтесь умножить. Расчет такой: если единовременно на акции должны работать 10 человек, в базе нужно иметь около 50 сотрудников. Потому что в конкретное время сможет участвовать только каждый пятый. Четверо из пяти обязательно будут сдавать экзамены, работать на другой акции, болеть, переезжать и т. д.

Чтобы набрать 50 промоутеров, нужно отсмотреть человек двести. Половину вы отсеете на собеседовании, значительная часть отсеется сама, когда дело дойдет до выполнения задач.

В Москве приемлемую базу полевого персонала (300-400 человек) можно не без напряжения сформировать месяца за три, в регионах на это уйдет чуть больше времени.

За это время ваше мастерство отбора возрастет и отточится, а многие простейшие функции вы научитесь делегировать офис-менеджеру и охраннику. Выдать анкету, проверить, все ли строчки заполнены, может любой.

Но не расслабляйтесь, когда база будет сформирована. Ни в коем случае не закрывайте набор новых промоутеров. Самая хорошая база будет устаревать и таять процентов на пять в месяц. Кто-то переедет и потеряется, кто-то трудоустроится. Определенный процент «уйдет» на особо привередливых промоутеров, регулярно отказывающихся от работы («мало платите», «далеко ехать», «настроения что-то нет»). На такие кадры ставку делать не стоит — удаляйте их из базы или заведите папку «хронических отказников».

Настраивайтесь на продолжительную работу по подбору промоутеров. Особенно активно следует пополнять базу данных весной: ведь в июле-августе начнутся каникулы, и ряды «двигателей торговли» поредеют втройне!

Мотивация промоутера

Традиционно промоутер стимулируется только деньгами: основной суммой, иногда — премиями, и почти всегда — штрафами. Такая система мотивации проста и понятна для агентств и персонала, но приводит к тому, что на пике сезонной рекламной активности менеджеры сталкиваются с дефицитом хорошего персонала. Промоутеры и супервайзеры уходят на более оплачиваемые проекты в самом разгаре акции. Поэтому мотивация персонала усложняется. Например:

Поощрение духа соревнований. Организатор акций устраивает личные и командные зачеты промоутеров. Победители определяются по итогам нескольких акций. Награды разнообразны: от фирменных плюшевых мишек до сотовых телефонов. А церемонии награждения могут мотивировать не хуже денежной премии.
Формирование общности, командного духа. Организатор акций устраивает специальные мероприятия для внерабочего общения промоутеров, например, подводит итоги крупной акции.
Рост в компании и вне ее. На карьеру в этом направлении нацелены далеко не все промоутеры, стоит сфокусироваться на активном меньшинстве, которое определяет общий настрой.
Жесткий контроль — лучшее средство для закрепления результатов.

Говоря о контроле работы промоперсонала, остановлюсь на двух моментах.

Задача организатора — разработать подробный бланк оценки эффективности. Иначе контрольные поездки неизбежно превратятся в непродуктивное «избиение младенцев» с общими оценками, типа «не активен», «плохо работал». Хуже звучит, но понятно и проверяемо: «не вступает в визуальный контакт с нецелевым потребителем, проявившим интерес» или «проявляет невербальную агрессию в сложных коммуникациях».
При проведении крупных акций функцию контроля необходимо делегировать специальному сотруднику. Он должен быть не знаком с промоутерами. Пусть в его обязанности входят только регулярные поездки по точкам. Назовите такого сотрудника инспектором или контролером, дайте ему полномочия штрафовать не только промоутеров, но и безответственных супервайзеров. Практика показывает, что такая «акула в лагуне» мобилизует промо-персонал. Инспектирующий сотрудник страхует вас от таких неприятных мелочей, как круговая порука между участниками промо-команды, приписки в отчетах или ранний уход промоутеров с точки.

Бодрый, дружелюбный и ответственный промоутер — результат планомерной работы специалистов, BTL-отдела фирмы или специализированного BTL-агентства. Работайте над этим, и вы будете уверены в маркетинговой победе.

Источник: Financial Lawyer

Addgene: Promoters

Определение

Промотор — это область ДНК, в которой инициируется транскрипция гена. Промоторы являются жизненно важным компонентом векторов экспрессии, поскольку они контролируют связывание РНК-полимеразы с ДНК. РНК-полимераза транскрибирует ДНК в мРНК, которая в конечном итоге транслируется в функциональный белок. Таким образом, промоторная область контролирует, когда и где в организме экспрессируется интересующий вас ген.

Сводка

Промоторы имеют длину около 100-1000 пар оснований и расположены рядом и обычно выше (5 ’) смысловой или кодирующей цепи транскрибируемого гена.Кодирующая цепь — это цепь ДНК, которая кодирует кодоны и последовательность которой соответствует полученному транскрипту мРНК. Антисмысловая цепь называется цепочкой-матрицей или некодирующей цепью, поскольку это цепь, которая транскрибируется РНК-полимеразой.

последовательностей ДНК, называемых элементами ответа, расположены в промоторных областях и обеспечивают стабильный сайт связывания для РНК-полимеразы и факторов транскрипции. Факторы транскрипции — это белки, которые привлекают РНК-полимеразу и контролируют и регулируют транскрипцию ДНК в мРНК.

Связывание промотора у бактерий сильно отличается от эукариот. У бактерий основной РНК-полимеразе требуется ассоциированный сигма-фактор для распознавания и связывания промотора. С другой стороны, у эукариот этот процесс намного сложнее. Эукариотам требуется минимум семь факторов транскрипции, чтобы РНК-полимераза II (эукариот-специфическая РНК-полимераза) могла связываться с промотором. Транскрипция строго контролируется как у бактерий, так и у эукариот. Промоторы контролируются различными регуляторными последовательностями ДНК, включая энхансеры, граничные элементы, инсуляторы и глушители.

Промоутеры Регионы

Промотор состоит из трех основных частей: корового промотора, проксимального промотора и дистального промотора. Ниже описаны особенности этих областей в эукариотических клетках.

Основной промоутер

Центральная область промотора расположена наиболее проксимальнее стартового кодона и содержит сайт связывания РНК-полимеразы, ТАТА-бокс и сайт начала транскрипции (TSS). РНК-полимераза будет стабильно связываться с этой коровой промоторной областью, и может инициироваться транскрипция матричной цепи.ТАТА-бокс представляет собой последовательность ДНК (5′-ТАТААА-3 ‘) в центральной области промотора, где могут связываться белки общих факторов транскрипции и гистоны. Гистоны — это белки, обнаруженные в эукариотических клетках, которые упаковывают ДНК в нуклеосомы. Связывание гистонов предотвращает инициацию транскрипции, тогда как факторы транскрипции способствуют инициации транскрипции. Самая 3’-часть (ближайшая к стартовому кодону гена) основного промотора — это TSS, где фактически начинается транскрипция. Однако только эукариоты и археи содержат этот ТАТА-бокс.Большинство прокариот содержат последовательность, которая считается функционально эквивалентной, называемая боксом Прибноу, которая обычно состоит из шести нуклеотидов, TATAAT.

Проксимальный промотор

Дальше от основного промотора вы найдете проксимальный промотор, который содержит множество первичных регуляторных элементов. Проксимальный промотор находится примерно на 250 пар оснований выше TSS, и это сайт, где связываются общие факторы транскрипции.

Дистальный промотор

Последняя часть области промотора называется дистальным промотором, который находится выше проксимального промотора.Дистальный промотор также содержит сайты связывания факторов транскрипции, но в основном содержит регуляторные элементы.

Эукариотические промоторы

Промоторы эукариот намного сложнее и разнообразнее, чем промоторы прокариот. Эукариотические промоторы охватывают широкий спектр последовательностей ДНК. Нет ничего необычного в наличии нескольких регуляторных элементов, таких как энхансеры, на расстоянии нескольких тысяч пар оснований от TSS. Эукариотические промоторы настолько сложны по структуре, что ДНК имеет тенденцию складываться сама по себе, что помогает объяснить, сколько физически удаленных последовательностей ДНК могут влиять на транскрипцию данного гена.ТАТА-связывающий белок связывает ТАТА-бокс и помогает в последующем связывании РНК-полимеразы. Комплекс транскрипции построен из РНК-полимеразы и нескольких белков факторов транскрипции.

Общие эукариотические промоторы, используемые в исследованиях

Промоутер	Выражение	Описание
CMV	Учредительный	Сильный промотор цитомегаловируса человека млекопитающих
EF1a	Constituitve	Сильный промотор для млекопитающих из фактора удлинения 1 альфа человека
CAG	Учредительный	Сильный промотор гибридных млекопитающих
PGK	Учредительный	Промотор млекопитающих из гена фосфолицераткиназы
TRE	Индуктивный	Промотор элемента ответа на тетрациклин
U6	Учредительный	Ядерный промотор U6 человека для экспрессии малой РНК
UAS	Особый	Промотор дрозофилы, содержащий сайты связывания Gal4

Бактериальные промоторы

Промоторы в бактериях содержат две короткие последовательности ДНК, расположенные в положениях -10 (10 п.н. 5 ‘или выше) и -35 от сайта начала транскрипции (TSS).Их эквивалент эукариотическому ТАТА-боксу, бокс Прибноу (ТАТААТ) расположен в позиции -10 и необходим для инициации транскрипции. Положение -35, называемое просто элементом -35, обычно состоит из последовательности TTGACA, и этот элемент контролирует скорость транскрипции. Бактериальные клетки содержат сигма-факторы, которые помогают РНК-полимеразе связываться с промоторной областью. Каждый сигма-фактор распознает разные коровые промоторные последовательности.

Опероны

Хотя бактериальная транскрипция проще, чем эукариотическая транскрипция, бактерии все же имеют сложные системы регуляции генов, такие как опероны.Опероны представляют собой кластер различных генов, которые контролируются одним промотором и оператором. Опероны распространены у прокайотов, особенно у бактерий, но также были обнаружены у эукариот. Опероны состоят из промотора, который распознается РНК-полимеразой, оператора, сегмента ДНК, с которым может связываться репрессор или активатор, и структурных генов, которые транскрибируются вместе.

Регуляция оперона может быть как отрицательной, так и положительной. Отрицательные репрессивные опероны обычно связываются репрессорным белком, который предотвращает транскрипцию.Когда молекула-индуктор связывается с репрессором, она меняет свою конформацию, предотвращая связывание с оператором и тем самым обеспечивая транскрипцию. Оперон Lac у бактерий является примером отрицательно контролируемого оперона.

Положительный репрессируемый оперон работает противоположным образом. Оперон обычно транскрибируется до тех пор, пока репрессор / корепрессор не свяжется с оператором, предотвращая транскрипцию. Оперон trp, участвующий в производстве триптофана, является примером положительно контролируемого оперона.

Общие бактериальные промоторы, использованные в исследованиях

Промоутер	Выражение	Описание
T7	Конститутивная, но требует РНК-полимеразы Т7	Промотор бактериофага Т7
Сп6	Конститутивная, но требует РНК-полимеразы Sp6	Промотор бактериофага Sp6
лак	Конститутивное при отсутствии lac-репрессора (lacI или lacIq).Может индуцироваться IPTG или лактозой	Промоутер от Lac operon
араБад	Индуцируется арабинозой	Промотор метаболического оперона арабинозы
т.р.	Подавляемость триптофаном	Промотор из E. coli триптофановый оперон
Ptac	Регулируется как промотор лака	Гибридный промотор lac и trp

Типы РНК-полимераз

Промоторы контролируют связывание РНК-полимеразы с ДНК, чтобы инициировать транскрипцию генов.Существует три типа РНК-полимераз, которые транскрибируют разные гены.

РНК-полимераза I транскрибирует гены, кодирующие рибосомную РНК (рРНК), которая является основным компонентом структуры рибосомы клетки. Рибосомы — это место синтеза белка, где мРНК транслируется в белок.

РНК-полимераза II транскрибирует информационную РНК (мРНК), которая является РНК, ответственной за обеспечение стабильной матрицы для трансляции белка.

РНК-полимераза III транскрибирует гены, кодирующие транспортную РНК (тРНК), адапторные молекулы, которые несут ответственность за перенос аминокислот в рибосому при синтезе белков. РНК-полимераза III также транскрибирует малые РНК, такие как shRNA и gRNA.

Ресурсы

Addgene, включая нашу популярную серию Plasmids 101, охватывает самые разные темы — от новейших достижений в плазмидных технологиях и исследованиях до обзоров основ молекулярной биологии и компонентов плазмид.

границ | DeePromoter: надежный предсказатель промоутера с использованием глубокого обучения

1. Введение

Промоторы являются ключевыми элементами, принадлежащими некодирующим областям генома. Они в значительной степени контролируют активацию или репрессию генов. Они расположены рядом с сайтом начала транскрипции (TSS) гена и выше него. Фланкирующая область промотора гена может содержать множество важных коротких элементов и мотивов ДНК (длиной 5 и 15 оснований), которые служат сайтами узнавания для белков, которые обеспечивают правильную инициацию и регуляцию транскрипции нижележащего гена (Juven-Gershon et al., 2008). Инициирование транскрипта гена — самый фундаментальный шаг в регуляции экспрессии гена. Ядро промотора представляет собой минимальный отрезок последовательности ДНК, конъюнктивный TSS и достаточный для непосредственного инициирования транскрипции. Длина корового промотора обычно составляет от 60 до 120 пар оснований (п.о.).

ТАТА-бокс — это промоторная подпоследовательность, которая указывает другим молекулам, где начинается транскрипция. Он был назван «ТАТА-бокс», поскольку его последовательность характеризуется повторяющимися парами оснований Т и А (ТАТААА) (Baker et al., 2003). Подавляющее большинство исследований TATA-бокса было проведено на геномах человека, дрожжей и дрозофилы, однако аналогичные элементы были обнаружены у других видов, таких как археи и древние эукариоты (Smale and Kadonaga, 2003). В случае человека 24% генов имеют промоторные области, содержащие ТАТА-бокс (Yang et al., 2007). У эукариот ТАТА-бокс расположен на ~ 25 п.н. выше TSS (Xu et al., 2016). Он может определять направление транскрипции, а также указывает на считываемую цепь ДНК.Белки, называемые факторами транскрипции, связываются с несколькими некодирующими областями, включая ТАТА-бокс, и задействуют фермент, называемый РНК-полимеразой, который синтезирует РНК из ДНК.

Из-за важной роли промоторов в транскрипции генов точное предсказание сайтов промоторов становится необходимым этапом в экспрессии генов, интерпретации паттернов, а также в построении и понимании функциональности генетических регуляторных сетей. Были проведены различные биологические эксперименты для идентификации промоторов, такие как мутационный анализ (Matsumine et al., 1998) и иммунопреципитации (Kim et al., 2004; Dahl and Collas, 2008). Однако эти методы были дорогими и трудоемкими. Недавно, с развитием секвенирования следующего поколения (NGS) (Behjati and Tarpey, 2013), было секвенировано больше генов различных организмов, и их генные элементы были исследованы с помощью вычислений (Zhang et al., 2011). С другой стороны, нововведение технологии NGS привело к резкому снижению стоимости секвенирования всего генома, поэтому доступно больше данных по секвенированию.Доступность данных привлекает исследователей к разработке вычислительных моделей для задачи прогнозирования промотора. Однако это все еще незавершенная задача, и нет эффективного программного обеспечения, которое могло бы точно предсказать промоутеры.

Предикторы промоутера можно разделить на три группы на основе используемого подхода, а именно: подход на основе сигналов, подход на основе контента и подход на основе GpG. Предикторы на основе сигналов фокусируются на промоторных элементах, связанных с сайтом связывания РНК-полимеразы, и игнорируют неэлементные части последовательности.В результате точность прогноза была слабой и неудовлетворительной. Примеры основанных на сигналах предикторов включают: PromoterScan (Prestridge, 1995), который использовал извлеченные признаки TATA-бокса и взвешенную матрицу сайтов связывания факторов транскрипции с линейным дискриминатором для классификации промоторных последовательностей от непромоторных; Promoter2.0 (Knudsen, 1999), который извлекал признаки из различных блоков, таких как TATA-Box, CAAT-Box и GC-Box, и передавал их в искусственные нейронные сети (ИНС) для классификации; НАЭС2.1 (Reese, 2001), который использовал элемент инициатора (Inr) и TATA-Box для извлечения признаков и нейронную сеть с временной задержкой для классификации, и Down and Hubbard (2002), которые использовали TATA-Box и использовали машины векторов релевантности (RVM ) как классификатор. Предикторы на основе содержимого полагались на подсчет частоты k-мер путем запуска окна длины k по последовательности. Однако эти методы игнорируют пространственную информацию о парах оснований в последовательностях. Примеры основанных на содержании предикторов включают: PromFind (Hutchinson, 1996), который использовал частоту k-мер для выполнения предсказания гексамерного промотора; PromoterInspector (Scherf et al., 2000), которые идентифицировали области, содержащие промоторы, на основе общего геномного контекста промоторов полимеразы II путем сканирования конкретных признаков, определенных как мотивы переменной длины; MCPromoter1.1 (Ohler et al., 1999), который использовал одну интерполированную цепь Маркова (IMC) 5-го порядка для предсказания промоторных последовательностей. Наконец, предикторы на основе GpG использовали расположение островков GpG в качестве области промотора, или область первого экзона в генах человека обычно содержит островки GpG (Ioshikhes and Zhang, 2000; Davuluri et al., 2001; Lander et al., 2001; Понгер и Мучироуд, 2002). Однако только 60% промоторов содержат островки GpG, поэтому точность предсказания такого рода предикторов никогда не превышала 60%.

В последнее время для предсказания промотора стали использовать подходы на основе последовательностей. Ян и др. (2017) использовали различные стратегии выделения признаков для сбора наиболее релевантной информации о последовательностях с целью прогнозирования взаимодействий энхансер-промотор. Lin et al. (2017) предложили основанный на последовательности предсказатель, названный iPro70-PseZNC, для идентификации промотора сигма70 в прокариотах.Точно так же Бхараникумар и др. (2018) предложили PromoterPredict для прогнозирования силы промоторов Escherichia coli на основе подхода динамической множественной регрессии, в котором последовательности были представлены в виде матриц весовых коэффициентов положения (PWM). Канхере и Бансал (2005) использовали различия в стабильности последовательностей ДНК между промоторными и непромоторными последовательностями, чтобы различать их. Xiao et al. (2018) представили двухуровневый предсказатель под названием iPSW (2L) -PseKNC для идентификации промоторных последовательностей, а также для определения силы промоторов путем извлечения гибридных признаков из последовательностей.

Все вышеупомянутые предикторы требуют знания предметной области для ручной работы с функциями. С другой стороны, подходы, основанные на глубоком обучении, позволяют создавать более эффективные модели, напрямую используя необработанные данные (последовательности ДНК / РНК). Глубокая сверточная нейронная сеть достигла современных результатов в решении таких сложных задач, как обработка изображений, видео, аудио и речи (Крижевский и др., 2012; ЛеКун и др., 2015; Шмидхубер, 2015; Сегеди и др.). , 2015). Кроме того, он успешно применялся в биологических задачах, таких как DeepBind (Alipanahi et al., 2015), DeepCpG (Angermueller et al., 2017), выбор точки ветвления (Nazari et al., 2018), прогнозирование альтернативных сайтов сплайсинга (Oubounyt et al., 2018), прогнозирование сайтов 2′-ометилирования (Tahir et al. , 2018), количественная оценка последовательности ДНК (Quang and Xie, 2016), субклеточная локализация человеческого белка (Wei et al., 2018) и т. Д. Кроме того, CNN недавно привлекла значительное внимание в задаче распознавания промоторов. Совсем недавно Умаров и Соловьев (2017) представили CNNprom для распознавания коротких промоторных последовательностей, эта архитектура на основе CNN достигла высоких результатов в классификации промоторных и непромоторных последовательностей.Впоследствии эта модель была улучшена Qian et al. (2018), где авторы использовали классификатор вспомогательной векторной машины (SVM) для проверки наиболее важных элементов промоторной последовательности. Затем наиболее влиятельные элементы оставались несжатыми, а менее важные — сжимались. Этот процесс привел к повышению производительности. Недавно Umarov et al. Предложили длинную модель идентификации промотора. (2019), в котором авторы сосредоточились на выявлении позиции TSS.

Во всех упомянутых выше работах отрицательный набор извлекался из непромоторных участков генома.Зная, что промоторные последовательности богаты исключительно специфическими функциональными элементами, такими как TATA-бокс, расположенный на –30 ~ –25 п.н., GC-Box, который расположен на –110 ~ –80 п.н., CAAT-Box, который расположен в — 80 ~ –70 п.н. и т. Д. Это приводит к высокой точности классификации из-за огромного несоответствия между положительными и отрицательными выборками с точки зрения структуры последовательности. Кроме того, задача классификации становится легкой для достижения, например, модели CNN будут просто полагаться на присутствие или отсутствие некоторых мотивов в их конкретных положениях, чтобы принять решение о типе последовательности.Таким образом, эти модели имеют очень низкую точность / чувствительность (высокий уровень ложноположительных результатов), когда они тестируются на геномных последовательностях, которые имеют промоторные мотивы, но не являются промоторными последовательностями. Хорошо известно, что в геноме больше мотивов TATAAA, чем тех, которые принадлежат промоторным областям. Например, одна последовательность ДНК хромосомы 1 человека ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-57/fasta/homo_sapiens/dna/ содержит 151 656 мотивов TATAAA. Это больше приблизительного максимального количества генов в общем геноме человека.В качестве иллюстрации этой проблемы мы замечаем, что при тестировании этих моделей на непромоторных последовательностях, которые имеют ТАТА-бокс, они неправильно классифицируют большинство этих последовательностей. Следовательно, для создания надежного классификатора необходимо тщательно выбирать отрицательный набор, поскольку он определяет признаки, которые будут использоваться классификатором для различения классов. Важность этой идеи была продемонстрирована в предыдущих работах, таких как (Wei et al., 2014). В этой работе мы в основном обращаемся к этой проблеме и предлагаем подход, который объединяет некоторые из функциональных мотивов положительного класса в отрицательный класс, чтобы уменьшить зависимость модели от этих мотивов.Мы используем CNN в сочетании с моделью LSTM для анализа характеристик последовательностей TATA и не-TATA эукариотических промоторов человека и мыши и построения вычислительных моделей, которые могут точно отличать короткие промоторные последовательности от непромоторных.

2. Материалы и методы

2.1. Набор данных

Наборы данных, которые используются для обучения и тестирования предложенного предиктора промотора, собираются от человека и мыши. Они содержат два различных класса промоторов, а именно промоторы ТАТА (т.е.е., последовательности, содержащие ТАТА-бокс) и не-ТАТА промоторы. Эти наборы данных были созданы из базы данных Eukaryotic Promoter Database (EPDnew) (Dreos et al., 2012). EPDnew — это новый раздел в хорошо известном наборе данных EPD (Périer et al., 2000), который аннотирует неизбыточную коллекцию эукариотических промоторов POL II, где сайт начала транскрипции был определен экспериментально. Он предоставляет высококачественные промоторы по сравнению с коллекцией промоторов ENSEMBL (Dreos et al., 2012) и общедоступен по адресу https: // epd.epfl.ch//index.php. Мы загрузили геномные последовательности промоторов TATA и не-TATA для каждого организма из EPDnew. Эта операция привела к получению четырех наборов данных промоторов, а именно: Human-TATA, Human-non-TATA, Mouse-TATA и Mouse-non-TATA. Для каждого из этих наборов данных создается отрицательный набор (непромоторные последовательности) с таким же размером положительного на основе предлагаемого подхода, как описано в следующем разделе. Подробная информация о количестве промоторных последовательностей для каждого организма приведена в таблице 1.Все последовательности имеют длину 300 п.н. и были извлечены из -249 ~ + 50 п.н. (+1 относится к положению TSS). В качестве контроля качества мы использовали 5-кратную перекрестную проверку для оценки предложенной модели. В этом случае 3-кратная кратность используется для обучения, 1-кратная используется для проверки, а оставшаяся кратность используется для тестирования. Таким образом, предлагаемая модель обучается 5 раз и рассчитывается общая 5-кратная производительность.

Таблица 1 . Статистика четырех наборов данных, использованных в этом исследовании.

2.2. Конструкция отрицательного набора данных

Чтобы обучить модель, которая может точно выполнять классификацию промоторных и непромоторных последовательностей, нам необходимо тщательно выбирать отрицательный набор (непромоторные последовательности). Этот момент имеет решающее значение для создания модели, способной к хорошему обобщению и, следовательно, способной поддерживать свою точность при оценке на более сложных наборах данных. В предыдущих работах, таких как (Qian et al., 2018), отрицательный набор конструировался путем случайного выбора фрагментов из непромоторных областей генома.Очевидно, что этот подход не совсем разумен, потому что если нет пересечения между положительными и отрицательными множествами. Таким образом, модель легко найдет основные функции для разделения двух классов. Напр., Мотив TATA можно найти во всех положительных последовательностях в определенном положении (обычно 28 п.н. выше TSS, между -30 и -25 п.н. в нашем наборе данных). Следовательно, случайное создание отрицательного набора, не содержащего этот мотив, приведет к высокой производительности в этом наборе данных. Однако модель не может классифицировать отрицательные последовательности, которые имеют мотив TATA в качестве промоторов.Короче говоря, главный недостаток этого подхода заключается в том, что при обучении модели глубокого обучения она учится различать только положительные и отрицательные классы на основе наличия или отсутствия некоторых простых функций на определенных позициях, что делает эти модели непрактичными. В этой работе мы стремимся решить эту проблему, установив альтернативный метод получения отрицательного множества из положительного.

Наш метод основан на том факте, что всякий раз, когда характеристики являются общими для отрицательного и положительного классов, модель имеет тенденцию при принятии решения игнорировать или уменьшать свою зависимость от этих характеристик (т.е. присвоить этим характеристикам низкий вес). Вместо этого модель вынуждена искать более глубокие и менее очевидные особенности. Модели глубокого обучения обычно страдают от медленной сходимости при обучении на этом типе данных. Однако этот метод повышает надежность модели и обеспечивает обобщение. Реконструируем отрицательное множество следующим образом. Каждая положительная последовательность порождает одну отрицательную последовательность. Положительная последовательность делится на 20 подпоследовательностей. Затем случайным образом выбираются 12 подпоследовательностей и случайным образом заменяются.Остальные 8 подпоследовательностей сохраняются. Этот процесс проиллюстрирован на рисунке 1. Применение этого процесса к положительному набору приводит к новым непромоторным последовательностям с консервативными частями промоторных последовательностей (неизмененные подпоследовательности, 8 подпоследовательностей из 20). Эти параметры позволяют сгенерировать отрицательный набор, в котором 32 и 40% последовательностей содержат консервативные части промоторных последовательностей. Это соотношение является оптимальным для надежного предсказателя промотора, как описано в разделе 3.2. Поскольку консервативные части занимают одни и те же позиции в отрицательных последовательностях, очевидные мотивы, такие как ТАТА-бокс и TSS, теперь являются общими для двух наборов с соотношением 32 ~ 40%. Логотипы последовательностей положительных и отрицательных наборов для данных промотора ТАТА человека и мыши показаны на фиг. 2, 3 соответственно. Можно видеть, что положительный и отрицательный наборы имеют одни и те же основные мотивы в одних и тех же положениях, такие как мотив ТАТА в положении -30 и -25 п.н. и TSS в положении +1 п.н.Таким образом, обучение более сложное, но полученная модель хорошо обобщает.

Рисунок 1 . Иллюстрация метода построения отрицательного множества. Зеленый цвет представляет собой случайно сохраненные подпоследовательности, а красный — случайно выбранные и замененные подпоследовательности.

Рисунок 2 . Логотип последовательности в промоторе ТАТА человека как для положительного набора (A) , так и для отрицательного набора (B) . Графики показывают сохранение функциональных мотивов между двумя наборами.

Рисунок 3 . Логотип последовательности в промоторе TATA мыши как для положительного набора (A) , так и для отрицательного набора (B) . Графики показывают сохранение функциональных мотивов между двумя наборами.

2.3. Предлагаемые модели

Мы предлагаем модель глубокого обучения, которая объединяет слои свертки с повторяющимися слоями, как показано на рисунке 4. Она принимает одну исходную геномную последовательность, S = { N ₁, N ₂,…, N _l}, где N∈ {A, C, G, T} и l — длина входной последовательности в качестве входной и выходной оценки с действительным знаком.Входные данные закодированы в горячем режиме и представлены в виде одномерного вектора с четырьмя каналами. Длина вектора l = 300, а четыре канала — это A, C, G и T и представлены как (1 0 0 0), (0 1 0 0), (0 0 1 0), (0 0 0 1) соответственно. Чтобы выбрать наиболее эффективную модель, мы использовали метод поиска по сетке для выбора лучших гиперпараметров. Мы пробовали разные архитектуры, такие как только CNN, только LSTM, только BiLSTM, CNN в сочетании с LSTM. Настроенные гиперпараметры — это количество слоев свертки, размер ядра, количество фильтров в каждом слое, размер максимального уровня объединения, вероятность выпадения и единицы уровня Bi-LSTM.

Рисунок 4 . Архитектура предлагаемой модели DeePromoter.

Предлагаемая модель начинается с нескольких слоев свертки, которые выровнены параллельно и помогают в изучении важных мотивов входных последовательностей с различным размером окна. Мы используем три слоя свертки для промотора без TATA с размером окна 27, 14 и 7 и два слоя свертки для промотора TATA с размером окна 27, 14. За всеми слоями свертки следует функция активации ReLU (Glorot et al., 2011), максимальный уровень объединения с размером окна 6 и слой исключения с вероятностью 0,5. Затем выходные данные этих слоев объединяются и передаются в слой двунаправленной долгосрочной краткосрочной памяти (BiLSTM) (Schuster and Paliwal, 1997) с 32 узлами, чтобы зафиксировать зависимости между изученными мотивами из сверточных слоев. Изученные функции после BiLSTM сглаживаются и затем выпадают с вероятностью 0,5. Затем мы добавляем два полностью связанных слоя для классификации.Первый имеет 128 узлов, за ним следует ReLU и выпадение с вероятностью 0,5, в то время как второй уровень используется для прогнозирования с одним узлом и функцией активации сигмоида. BiLSTM позволяет информации сохраняться и изучать долгосрочные зависимости последовательных образцов, таких как ДНК и РНК. Это достигается за счет структуры LSTM, которая состоит из ячейки памяти и трех ворот, называемых воротами ввода, вывода и забывания. Эти ворота отвечают за регулирование информации в ячейке памяти.Кроме того, использование модуля LSTM увеличивает глубину сети, в то время как количество требуемых параметров остается небольшим. Наличие более глубокой сети позволяет извлекать более сложные функции, и это основная цель наших моделей, поскольку отрицательный набор содержит жесткие образцы.

Фреймворк Keras используется для построения и обучения предложенных моделей (Chollet F. et al., 2015). Оптимизатор Adam (Kingma and Ba, 2014) используется для обновления параметров со скоростью обучения 0,001. Размер пакета установлен на 32, а количество эпох установлено на 50.Досрочная остановка применяется в случае потери валидации.

3. Результаты и обсуждение

3.1. Показатели эффективности

В этой работе мы используем широко принятые метрики оценки для оценки производительности предложенных моделей. Эти показатели — точность, отзыв и коэффициент корреляции Мэтью (MCC), и они определены следующим образом:

Если TP является истинно положительным и представляет собой правильно идентифицированные промоторные последовательности, TN является истинно отрицательным и представляет собой правильно отклоненные промоторные последовательности, FP является ложноположительным и представляет неправильно идентифицированные промоторные последовательности, а FN является ложноотрицательным и представляет собой неправильно отклоненные промоторные последовательности.

3.2. Эффект отрицательного набора

При анализе ранее опубликованных работ по идентификации промоторных последовательностей мы заметили, что производительность этих работ во многом зависит от способа подготовки отрицательного набора данных. Они очень хорошо справились с наборами данных, которые они подготовили, однако у них высокий коэффициент ложноположительных результатов при оценке на более сложном наборе данных, который включает последовательности, не являющиеся подсказками, имеющие общие мотивы с последовательностями промоторов. Например, в случае набора данных промотора TATA случайно сгенерированные последовательности не будут иметь мотив TATA в положениях -30 и -25 п.н., что, в свою очередь, упрощает задачу классификации.Другими словами, их классификатор зависел от присутствия мотива ТАТА для идентификации промоторной последовательности, и в результате было легко достичь высокой производительности с наборами данных, которые они подготовили. Однако их модели резко потерпели неудачу при работе с отрицательными последовательностями, содержащими мотив TATA (жесткие примеры). Точность снижалась по мере увеличения количества ложных срабатываний. Просто они классифицировали эти последовательности как положительные промоторные последовательности. Аналогичный анализ применим и для других промоторных мотивов.Таким образом, основная цель нашей работы — не только добиться высокой производительности на конкретном наборе данных, но и улучшить способность модели к хорошему обобщению путем обучения на сложном наборе данных.

Чтобы лучше проиллюстрировать этот момент, мы обучаем и тестируем нашу модель на наборах данных промоторов TATA человека и мыши с различными методами подготовки отрицательных наборов. Первый эксперимент проводится с использованием случайно выбранных отрицательных последовательностей из некодирующих областей генома (т.е. аналогично подходу, использованному в предыдущих работах).Примечательно, что предлагаемая нами модель обеспечивает почти идеальную точность прогноза (точность = 99%, отзыв = 99%, Mcc = 98%) и (точность = 99%, отзыв = 98%, Mcc = 97%) как для человека, так и для мыши соответственно. . Эти высокие результаты ожидаемы, но вопрос в том, сможет ли эта модель поддерживать такую же производительность при оценке на наборе данных, который содержит жесткие примеры. Ответ, основанный на анализе предыдущих моделей, отрицательный. Второй эксперимент проводится с использованием предлагаемого нами метода подготовки набора данных, как описано в разделе 2.2. Мы готовим отрицательные наборы, которые содержат сохраненный TATA-блок с различными процентными значениями, такими как 12, 20, 32 и 40%, и цель состоит в том, чтобы уменьшить разрыв между точностью и отзывом. Это гарантирует, что наша модель изучает более сложные функции, а не только наличие или отсутствие TATA-бокса. Как показано на фиг. 5A, B, модель стабилизируется при соотношении 32 ~ 40% для наборов данных промоторов TATA человека и мыши.

Рисунок 5 . Влияние различных соотношений консервативности мотива ТАТА в отрицательном наборе на производительность в случае набора данных промотора ТАТА как для человека (A) , так и для мыши (B) .

3.3. Результаты и сравнение

За последние годы было предложено множество инструментов для предсказания промоторных областей (Hutchinson, 1996; Scherf et al., 2000; Reese, 2001; Умаров, Соловьев, 2017). Однако некоторые из этих инструментов публично недоступны для тестирования, а некоторые из них требуют дополнительной информации, помимо исходных геномных последовательностей. В этом исследовании мы сравниваем производительность предлагаемых нами моделей с современной работой CNNProm, предложенной Умаровым и Соловьевым (2017), как показано в таблице 2.Как правило, предлагаемые модели DeePromoter явно превосходят CNNProm во всех наборах данных со всеми оценочными метриками. В частности, DeePromoter улучшает точность, отзывчивость и MCC в случае набора данных TATA человека на 0,18, 0,04 и 0,26 соответственно. В случае набора данных человека, не относящегося к TATA, DeePromoter улучшает точность на 0,39, отзыв на 0,12 и MCC на 0,66. Точно так же DeePromoter повышает точность, а MCC в случае набора данных TATA мыши на 0,24 и 0,31 соответственно.В случае набора данных мыши без TATA, DeePromoter улучшает точность на 0,37, отзыв на 0,04 и MCC на 0,65. Эти результаты подтверждают, что CNNProm не может отвергать отрицательные последовательности с промотором TATA, поэтому он имеет высокий уровень ложноположительных результатов. С другой стороны, наши модели могут более успешно справляться с этими случаями, а количество ложных срабатываний ниже по сравнению с CNNProm.

Таблица 2 . Сравнение DeePromoter с современным методом.

Для дальнейшего анализа мы изучаем влияние чередования нуклеотидов в каждой позиции на итоговую оценку.Мы сосредотачиваемся на области –40 и 10 п.н., поскольку она является хозяином наиболее важной части промоторной последовательности. Для каждой промоторной последовательности в тестовом наборе мы выполняем компьютерное сканирование мутаций, чтобы оценить эффект мутации каждой основы входной подпоследовательности (150 замен на интервале -40 ~ 10 п.н. подпоследовательности). Это проиллюстрировано на рисунках 6, 7 для наборов данных TATA человека и мыши соответственно. Синий цвет представляет собой снижение итоговой оценки из-за мутации, а красный цвет представляет собой приращение оценки из-за мутации.Мы замечаем, что изменение нуклеотидов на C или G в области –30 и –25 п.н. значительно снижает результат на выходе. Эта область представляет собой ТАТА-бокс, который является очень важным функциональным мотивом в промоторной последовательности. Таким образом, наша модель успешно определяет важность этого региона. В остальных положениях нуклеотиды C и G предпочтительнее, чем A и T, особенно в случае мыши. Это можно объяснить тем, что промоторная область содержит больше нуклеотидов C и G, чем A и T (Shi and Zhou, 2006).

Рисунок 6 . Карта значимости области от –40 до 10 пар оснований, которая включает ТАТА-бокс, в случае последовательностей промотора ТАТА человека.

Рисунок 7 . Карта значимости области от –40 до 10 пар оснований, которая включает ТАТА-бокс, в случае последовательностей промотора ТАТА мыши.

4. Заключение

Точное предсказание промоторных последовательностей важно для понимания механизма, лежащего в основе процесса регуляции генов.В этой работе мы разработали DeePromoter — который основан на комбинации сверточной нейронной сети и двунаправленного LSTM — для прогнозирования коротких последовательностей промотора эукариот в случае человека и мыши как для промотора TATA, так и для промотора, отличного от TATA. Существенным компонентом этой работы было преодоление проблемы низкой точности (высокая частота ложных срабатываний), отмеченной в ранее разработанных инструментах из-за зависимости от некоторых очевидных признаков / мотивов в последовательности при классификации промоторных и непромоторных последовательностей.В этой работе мы были особенно заинтересованы в построении жесткого отрицательного набора, который побуждает модели исследовать последовательность на предмет глубоких и релевантных признаков, вместо того, чтобы различать только промоторные и непромоторные последовательности на основе существования некоторых функциональных мотивов. Основное преимущество использования DeePromoter заключается в том, что он значительно снижает количество ложноположительных прогнозов, обеспечивая при этом высокую точность для сложных наборов данных. DeePromoter превзошел предыдущий метод не только по производительности, но и по преодолению проблемы с большим количеством ложноположительных прогнозов.Предполагается, что эта структура может быть полезна в приложениях, связанных с лекарствами, и в научных кругах.

Авторские взносы

MO и ZL подготовили набор данных, разработали алгоритм и провели эксперимент и анализ. MO и HT подготовили веб-сервер и написали рукопись при поддержке ZL и KC. Все авторы обсудили результаты и внесли свой вклад в окончательную рукопись.

Финансирование

Это исследование было поддержано Программой исследования мозга Национального исследовательского фонда (NRF), финансируемой правительством Кореи (MSIT) (No.NRF-2017M3C7A1044815).

Заявление о конфликте интересов

Авторы заявляют, что исследование проводилось при отсутствии каких-либо коммерческих или финансовых отношений, которые могут быть истолкованы как потенциальный конфликт интересов.

Список литературы

Алипанахи Б., Делонг А., Вейраух М. Т. и Фрей Б. Дж. (2015). Предсказание специфичности последовательности ДНК- и РНК-связывающих белков с помощью глубокого обучения. Nat. Biotechnol. 33, 831–838. DOI: 10.1038 / номер 3300

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Ангермюллер, К., Ли, Х. Дж., Рейк, В., и Стегл, О. (2017). Deepcpg: точное предсказание состояний метилирования одноклеточной ДНК с использованием глубокого обучения. Genome Biol. 18:67. DOI: 10.1186 / s13059-017-1189-z

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Бейкер, Т.А., Уотсон, Дж. Д., Белл, С. П., Ганн, А., Лосик, М., и Левин, Р. (2003). Молекулярная биология гена (Сан-Франциско, Калифорния :).Издательство Бенджамин-Каммингс.

Google Scholar

Бхараникумар Р., Премкумар К. А. Р. и Паланиаппан А. (2018). Promoterpredict: моделирование силы промотора escherichia coli σ70 на основе последовательностей дает логарифмическую зависимость между силой промотора и последовательностью. PeerJ 6: e5862. DOI: 10.7717 / peerj.5862

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Шолле, Ф. (2015). Керас: библиотека глубокого обучения Python.Библиотека исходных кодов астрофизики . Доступно на сайте: https://keras.io

Даль, Дж. А. и Коллас, П. (2008). Быстрый анализ иммунопреципитации микрохроматина (чип). Nat. Prot. 3, 1032–1045. DOI: 10.1038 / nprot.2008.68

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Дреос, Р., Амброзини, Г., Кэвин Перье, Р., и Бухер, П. (2012). Epd и epdnew, высококачественные промоторные ресурсы в эпоху секвенирования нового поколения. Nucleic Acids Res. 41, D157 – D164. DOI: 10.1093 / nar / gks1233

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Глорот, X., Бордес, A., и Bengio, Y. (2011). «Глубокие разреженные нейронные сети выпрямителя», в Труды четырнадцатой Международной конференции по искусственному интеллекту и статистике , (Форт-Лодердейл, Флорида:) 315–323.

Google Scholar

Хатчинсон, Г. (1996). Предсказание промоторных областей позвоночных с использованием дифференциального частотного анализа гексамеров. Биоинформатика 12, 391–398.

PubMed Аннотация | Google Scholar

Ювен-Гершон, Т., Хсу, Дж. Й., Тайзен, Дж. У., и Кадонага, Дж. Т. (2008). Основной промотор РНК-полимеразы II — путь к транскрипции. Curr. Opin. Cell Biol. 20, 253–259. DOI: 10.1016 / j.ceb.2008.03.003

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Ким, Дж. У., Зеллер, К. И., Ван, Ю., Джегга, А. Г., Ароноу, Б. Дж., О’Доннелл, К. А., и др.(2004). Оценка филогенетических следов myc e-box в гликолитических генах с помощью тестов иммунопреципитации хроматина. Мол. Клетка. Биол. 24, 5923–5936. DOI: 10.1128 / MCB.24.13.5923-5936.2004

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Кингма, Д. П. и Ба, Дж. (2014). Адам: метод стохастической оптимизации. препринт arXiv arXiv: 1412.6980 .

Google Scholar

Кнудсен, С. (1999). Промоутер2. 0: для распознавания промоторных последовательностей polii. Биоинформатика 15, 356–361.

PubMed Аннотация | Google Scholar

Крижевский А., Суцкевер И., Хинтон Г. Э. (2012). «Классификация Imagenet с глубокими сверточными нейронными сетями», в Advances in Neural Information Processing Systems , eds F. Pereira, C. J. C. Burges, L. Bottou и K. Q. Weinberger (New York, NY: ACM), 1097–1105.

Google Scholar

Ландер, Э. С., Линтон, Л. М., Биррен, Б., Нусбаум, К., Зоди, М.C., Baldwin, J., et al. (2001). Начальная последовательность и анализ человеческого генома. Природа 409, 860–921. DOI: 10.1038 / 35057062

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Линь Х., Лян З.-Й., Тан Х. и Чен В. (2017). Идентификация промоторов сигма70 с новым псевдонуклеотидным составом. IEEE / ACM Trans. Comput. Биол. Биоинформа . DOI: 10.1109 / TCBB.2017.2666141

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Мацумине, Х., Ямамура, Ю., Хаттори, Н., Кобаяси, Т., Китада, Т., Йоритака, А. и др. (1998). Микроделеция d6s305 в семье аутосомно-рецессивного ювенильного паркинсонизма (park2). Геномика 49, 143–146.

PubMed Аннотация | Google Scholar

Назари И., Тайара Х. и Чонг К. Т. (2018). Выбор точки ветвления при сварке РНК с использованием глубокого обучения. Доступ IEEE . 7, 1800–1807. DOI: 10.1109 / ACCESS.2018.2886569

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Олер, У., Харбек, С., Ниманн, Х., Нёт, Э. и Риз, М.Г. (1999). Интерполированные цепи маркова для распознавания эукариотических промоторов. Биоинформатика 15, 362–369.

PubMed Аннотация | Google Scholar

Убунит М., Луади З., Тайара Х. и Чонг К. Т. (2018). Модели глубокого обучения на основе распределенных представлений функций для альтернативного прогнозирования сращивания. Доступ IEEE 6, 58826–58834. DOI: 10.1109 / ACCESS.2018.2874208

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Перье, Р.К., Праз, В., Джунье, Т., Боннар, К., и Бухер, П. (2000). База данных эукариотических промоторов (epd). Nucleic Acids Res. 28, 302–303 . Доступно в Интернете по адресу: https://doi.org/10.1093/nar/28.1.302

Понгер, Л. и Мучироуд, Д. (2002). Cpgprod: идентификация островков cpg, связанных с сайтами начала транскрипции в больших геномных последовательностях млекопитающих. Биоинформатика 18, 631–633. DOI: 10.1093 / биоинформатика / 18.4.631

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Престридж, Д.С. (1995). Прогнозирование промоторных последовательностей pol ii с использованием сайтов связывания факторов транскрипции. J. Mol. Биол. 249, 923–932.

PubMed Аннотация | Google Scholar

Цянь, Ю., Чжан, Ю., Го, Б., Е, С., Ву, Ю. и Чжан, Дж. (2018). «Улучшенная модель распознавания промотора с использованием сверточной нейронной сети», в COMPSAC (1) (IEEE Computer Society), (Tokyo 🙂 471–476. DOI: 10.1109 / COMPSAC.2018.00072

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Куанг, Д.и Xie, X. (2016). Danq: гибридная сверточная и рекуррентная глубокая нейронная сеть для количественной оценки функции последовательностей ДНК. Nucleic Acids Res. 44, e107 – e107. DOI: 10.1093 / nar / gkw226

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Риз, М. Г. (2001). Применение нейронной сети с временной задержкой к аннотации промотора в геноме дрозофилы melanogaster. Comput. Chem. 26, 51–56. DOI: 10.1016 / S0097-8485 (01) 00099-7

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Шерф, М., Клингенхофф, А., Вернер, Т. (2000). Высокоспецифическая локализация промоторных областей в больших геномных последовательностях с помощью промотеринспектора: новый подход к контекстному анализу2. J. Mol. Биол. 297, 599–606. DOI: 10.1006 / jmbi.2000.3589

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Шустер М. и Паливал К. К. (1997). Двунаправленные рекуррентные нейронные сети. IEEE Trans. Сигнальный процесс. 45, 2673–2681.

Google Scholar

Сегеди, C., Лю В., Цзя Ю., Серманет П., Рид С., Ангелов Д. и др. (2015). «Углубляясь в свертки», в материалах Proceedings of the IEEE Conference on Computer Vision and Pattern Recognition , (Boston, MA 🙂 1–9.

Google Scholar

Тахир М., Тайара Х. и Чонг К. Т. (2018). irna-pseknc (2methyl): идентифицируют сайты 2′-o-метилирования РНК с помощью сверточной нейронной сети и псевдокомпонентов Чжоу. J. Theor. Биол . 465, 1–6. DOI: 10.1016 / j.jtbi.2018.12.034

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Умаров Р., Кувахара Х., Ли Ю., Гао X., Соловьев В. (2019). Анализ и прогноз промотора в геноме человека с использованием моделей глубокого обучения на основе последовательностей. Биоинформатика bty1068. DOI: 10.1093 / биоинформатика / bty1068

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Умаров Р.К., Соловьев В.В. (2017). Распознавание прокариотических и эукариотических промоторов с использованием сверточных нейронных сетей глубокого обучения. PLoS ONE 12: e0171410. DOI: 10.1371 / journal.pone.0171410

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Вэй, Л., Дин, Ю., Су, Р., Тан, Дж., И Цзоу, К. (2018). Прогнозирование субклеточной локализации белков человека с помощью глубокого обучения. J. Parall. Дистриб. Comput. 117, 212–217. DOI: 10.1016 / j.jpdc.2017.08.009

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Вэй, Л., Ляо, М., Гао, Ю., Цзи, Р., Хэ, З., и Цзоу, К. (2014).Улучшенная и многообещающая идентификация человеческих микрорн за счет включения высококачественного негатива. IEEE / ACM Trans. Comput. Биол. Биоинформ. 11, 192–201. DOI: 10.1109 / TCBB.2013.146

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Сяо, X., Сюй, З. К., Цю, В. Р., Ван, П., Ге, Х. Т. и Чжоу, К. С. (2018). ipsw (2l) -pseknc: двухуровневый предсказатель для идентификации промоторов и их силы по гибридным признакам с помощью псевдо-кортежного нуклеотидного состава. Геномика . (в прессе). DOI: 10.1016 / j.ygeno.2018.12.001

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Сюй, М., Гонсалес-Уртадо, Э., и Мартинес, Э. (2016). Регуляция гена, специфичного для основного промотора: селективность Тата-бокса и зависимая от инициатора двунаправленность транскрипции, активируемой фактором ответа сыворотки. Biochim. Биофиз. Acta. 1859, 553–563. DOI: 10.1016 / j.bbagrm.2016.01.005

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Ян, К., Болотин, Э., Цзян, Т., Сладек, Ф. М., и Мартинез, Э. (2007). Преобладание инициатора над тата-боксом в генах человека и дрожжей и идентификация мотивов ДНК, обогащенных коровыми промоторами без тата человека. Ген 389, 52–65. DOI: 10.1016 / j.gene.2006.09.029

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Янг Ю., Чжан Р., Сингх С. и Ма Дж. (2017). Использование основанных на последовательностях функций для прогнозирования взаимодействий энхансер-промотор. Биоинформатика 33, i252 – i260.DOI: 10.1093 / биоинформатика / btx257

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Промоутерский регион у эукариот и прокариот

Разница между эукариотами и Прокариотические промоторы

Прокариотические промоторы

У прокариот промотор состоит из двух короткие последовательности в положениях -10 и -35 перед сайт начала транскрипции.

Последовательность -10 называется Pribnow box, или элемент -10, и обычно состоит из шесть нуклеотидов TATAAT. Ящик Прибнов абсолютно необходимо для начала транскрипции прокариот.
Другая последовательность — 35 (-35 element) обычно состоит из шести нуклеотидов TTGACA.Его присутствие обеспечивает очень высокую скорость транскрипции.

Промоторы эукариот

Эукариотические промоторы чрезвычайно разнообразны и их трудно охарактеризовать. Обычно они лежат выше по течению гена и может иметь регуляторные элементы в несколько тысяч оснований от сайта начала транскрипции. У эукариот транскрипционный комплекс может вызвать изгиб ДНК сам по себе, что позволяет размещать регуляторные последовательности далеко с фактического сайта транскрипции.Многие эукариотические промоторы, содержат ТАТА-бокс (последовательность TATAAA ), который, в свою очередь, связывает привязку TATA белок, который помогает в образовании РНК-полимеразы транскрипционный комплекс. Коробка TATA обычно лежит очень близко к сайту начала транскрипции (часто в пределах 50 баз).

Определение промоутера Merriam-Webster

3 : вещество, которое в очень малых количествах способно повышать активность катализатора.

4 : сайт связывания в цепи ДНК, с которым связывается РНК-полимераза, чтобы инициировать транскрипцию информационной РНК одним или несколькими близлежащими структурными генами.

Роль музыкального промоутера

Музыкальный промоутер — это тот, кто рекламирует и продвигает выступления.Промоутеры организуют концерты, собирают группы или артистов и рекламируют шоу, чтобы привлечь внимание посетителей и прибыль.

Чем занимается музыкальный промоутер?

Музыкальный промоутер работает с артистом или менеджером группы, чтобы спланировать мероприятие. Они соглашаются на свидание и ищут подходящее место.

Промоутер договаривается о любых гонорарах для артиста, а затем публикует это событие с помощью радио, телевидения, цифровой или электронной рекламы. Музыкальный промоутер гарантирует, что у артистов есть все, что им нужно за кулисами и на улице, от гостиничных номеров до саундчеков.

Промоутер обычно составляет контракт, в котором излагаются условия соглашения, в том числе гонорары, причитающиеся промоутеру, дата и время репетиций, продолжительность выступления группы и любые другие требования.

Музыкальный промоутер обычно работает в обычном офисе и может иметь помощника или команду. Некоторые предпочитают встречаться с клиентами вне офиса, в ресторанах или других развлекательных заведениях. Другие делают большую часть своей работы в Интернете или по телефону.

Как мне стать музыкальным промоутером?

Чтобы стать музыкальным промоутером, не требуется формального образования.Самые важные навыки — это любовь к музыке и деловая смекалка, поэтому степень в области бизнеса или маркетинга может быть очень полезной. Умение вести эффективные переговоры имеет важное значение, так как вам нужно будет торговаться с артистами, площадками, отелями и т. Д.

Понимание различных аспектов бизнеса очень важно. Читайте отраслевые музыкальные журналы, чтобы узнать о последних событиях и узнать, как устроены другие мероприятия.

Если есть возможность, попробуйте пройти стажировку в компании по организации мероприятий.Вы можете получить опыт планирования и продвижения крупных мероприятий, которые могут быть бесценными, даже если они не связаны с музыкой.

Многие люди начинают сами, предлагая свои услуги бесплатно или с большой скидкой местным группам, пытающимся сделать себе имя. Они проверяют небольшие бары, кафе и ярмарки в поисках вариантов проведения и изучают более дешевые варианты оборудования или безопасности. Хотя вы можете не заработать денег на первых нескольких мероприятиях, этот опыт может открыть путь для более крупных и прибыльных возможностей в будущем.

Какова природа работы музыкального промоутера?

Многие люди входят в бизнес, не понимая полностью требований работы, поэтому текучесть кадров и выгорание на работе высоки. Для тех, кто остается в бизнесе, он может быть очень конкурентоспособным. Может быть трудно получить стабильную работу в отрасли, особенно тем, кто только начинает,

Согласно последним данным Бюро статистики труда за 2016 год, средняя годовая зарплата для сотрудников компаний составляет 65 200 долларов США; прогнозируемый рост рабочих мест до 2024 года — 2.5%. Независимые промоутеры получают часть проданных билетов или гонорар.

Если у вас есть сильные познания в музыке, страсть к индустрии, выдающиеся навыки общения и ведения переговоров, а также мотивация, вы можете преуспеть в качестве музыкального промоутера. Это сложный и конкурентоспособный карьерный путь, но он может быть очень полезным, если вам нравится то, что вы делаете.

Какова функция промотора в транскрипции ДНК?

Если вы когда-либо посещали курс биологии, вы, вероятно, знаете о ДНК.Эти молекулы содержат информацию, необходимую для создания каждой части любого данного биологического организма, от одноклеточной амебы до очень сложных организмов, таких как млекопитающие. Однако клеткам не нужно использовать всю эту информацию сразу. Следовательно, молекулярные компоненты, называемые промоторами, помогают инициировать процесс, известный как транскрипция.

ДНК

Дезоксирибонуклеиновая кислота кодирует план организма в рамках секвенирования цепей нуцелотидов, составляющих повсеместную двойную спиральную структуру ДНК.Различные последовательности этих нуклеотидов образуют дискретные гены, которые являются функциональными единицами кода организма. Каждая клетка тела содержит полный набор ДНК, на который она ссылается всякий раз, когда ей нужно построить или перестроить часть себя.

Транскрипция

Клетки внутри организмов более высокого уровня (например, человека) очень специализированы: мышечная клетка выполняет совершенно иную функцию и, следовательно, имеет совершенно иную структуру, чем нервная клетка. Это означает, что клеткам нужен доступ только к тем частям кода ДНК, которые конкретно связаны с функцией клетки.Кроме того, поскольку клетки имеют только одну копию ДНК своего родительского организма, эта копия хранится глубоко внутри ядра. Следовательно, когда клетке необходимо использовать часть кода ДНК, она делает копию этого сегмента кода внутри своего ядра для использования вне ядра. Этот процесс называется транскрипцией.

РНК

Среда, которая служит копией сегмента кода ДНК, называется рибонуклеиновой кислотой (РНК). Эти молекулы похожи на ДНК, однако рибоза в РНК не имеет атома кислорода, который присутствует в использовании ДНК рибозы.Кроме того, РНК обычно одноцепочечная. Эти сходства позволяют клеткам использовать транскрипцию для «копирования» цепи нуклеотидов, составляющих кодовый сегмент, в котором нуждается клетка, путем создания цепи РНК, состоящей из тех же самых нуклеотидов. Единственное отличие, которое клетка знает, что нужно приспосабливаться, состоит в том, что РНК кодирует нуклеотидное основание тимин как урацил.

Промоторы

Промоторы — это последовательности ДНК, цель которых не заключается в кодировании информации о самом организме, а, скорее, они служат своего рода переключателем «включено», чтобы инициировать биологический процесс транскрипции для генов, следующих за последовательностью промоторной ДНК.Фермент, РНК-полимераза, который выполняет процесс транскрипции, связывается с промоторной последовательностью, а затем начинает свой путь вниз по сегменту ДНК, конструируя РНК в соответствии с нуклеотидами ДНК, через которые проходит фермент.

Регуляция генов транскрипции эукариот | Биология для майоров I

Результаты обучения

Обсудить роль факторов транскрипции в регуляции генов

Подобно прокариотическим клеткам, транскрипция генов у эукариот требует действия РНК-полимеразы для связывания с последовательностью ДНК перед геном, чтобы инициировать транскрипцию.Однако, в отличие от прокариотических клеток, эукариотическая РНК-полимераза требует других белков или факторов транскрипции для облегчения инициации транскрипции. Сама по себе РНК-полимераза не может инициировать транскрипцию в эукариотических клетках. Существует два типа факторов транскрипции, которые регулируют транскрипцию эукариот: Общие (или базальные) факторы транскрипции связываются с основной областью промотора, чтобы способствовать связыванию РНК-полимеразы. Специфические факторы транскрипции связываются с различными областями за пределами области корового промотора и взаимодействуют с белками корового промотора для усиления или репрессии активности полимеразы.

Просмотрите процесс транскрипции — создание РНК из матрицы ДНК:

Промоутер и устройство для транскрипции

Гены организованы таким образом, чтобы облегчить контроль экспрессии генов. Промоторная область находится непосредственно перед кодирующей последовательностью. Этот участок может быть коротким (всего несколько нуклеотидов в длину) или довольно длинным (длиной в сотни нуклеотидов). Чем длиннее промотор, тем больше свободного пространства для связывания белков. Это также добавляет больше контроля над процессом транскрипции.Длина промотора зависит от гена и может сильно различаться между генами. Следовательно, уровень контроля экспрессии генов также может сильно различаться между генами. Промотор предназначен для связывания факторов транскрипции, которые контролируют инициацию транскрипции.

Внутри основной области промотора, от 25 до 35 оснований перед сайтом начала транскрипции, находится бокс ТАТА. Блок TATA имеет согласованную последовательность 5’-TATAAA-3 ’. ТАТА-бокс — это сайт связывания белкового комплекса под названием TFIID, который содержит ТАТА-связывающий белок.Связывание TFIID задействует другие факторы транскрипции, включая TFIIB, TFIIE, TFIIF и TFIIH. Некоторые из этих факторов транскрипции помогают связывать РНК-полимеразу с промотором, а другие помогают активировать комплекс инициации транскрипции.

Помимо ТАТА-бокса, у некоторых промоторов обнаружены другие сайты связывания. Некоторые биологи предпочитают ограничивать диапазон эукариотического промотора основным промотором или сайтом связывания полимеразы и называют эти дополнительные сайты элементами, проксимальными к промотору, поскольку они обычно находятся в пределах нескольких сотен пар оснований перед сайтом начала транскрипции. .Примерами этих элементов являются блок CAAT с консенсусной последовательностью 5’-CCAAT-3 ’и блок GC с консенсусной последовательностью 5’-GGGCGG-3’. Специфические факторы транскрипции могут связываться с этими элементами, проксимальными к промотору, чтобы регулировать транскрипцию генов. У данного гена может быть своя собственная комбинация этих сайтов связывания специфических транскрипционных факторов. В клетке есть сотни факторов транскрипции, каждый из которых специфически связывается с определенным мотивом последовательности ДНК. Когда факторы транскрипции связываются с промотором непосредственно перед кодируемым геном, это называется цис-действующим элементом, поскольку он находится на той же хромосоме, рядом с геном.Факторы транскрипции реагируют на стимулы окружающей среды, которые заставляют белки находить свои сайты связывания и инициировать транскрипцию необходимого гена.

Энхансеры и транскрипция

В некоторых эукариотических генах есть участки, которые помогают увеличить или усилить транскрипцию. Эти области, называемые энхансерами , не обязательно близки к генам, которые они усиливают. Они могут быть расположены выше гена, в кодирующей области гена, ниже гена или могут находиться на расстоянии тысяч нуклеотидов.

Энхансерные области представляют собой связывающие последовательности или сайты для конкретных факторов транскрипции. Когда фактор транскрипции белка связывается со своей энхансерной последовательностью, форма белка изменяется, позволяя ему взаимодействовать с белками на участке промотора. Однако, поскольку область энхансера может быть удалена от промотора, ДНК должна изгибаться, чтобы позволить белкам в двух сайтах войти в контакт. Белки, изгибающие ДНК, помогают изгибать ДНК и сближать области энхансера и промотора (рис. 1).Это изменение формы позволяет взаимодействовать специфическим белкам-активаторам, связанным с энхансерами, с общими факторами транскрипции, связанными с областью промотора и РНК-полимеразой.

Рис. 1. Энхансер — это последовательность ДНК, которая способствует транскрипции. Каждый энхансер состоит из коротких последовательностей ДНК, называемых дистальными контрольными элементами. Активаторы, связанные с дистальными элементами управления, взаимодействуют с белками-медиаторами и факторами транскрипции. Два разных гена могут иметь один и тот же промотор, но разные дистальные контрольные элементы, что обеспечивает различную экспрессию генов.

Выключение генов: репрессоры транскрипции

Подобно прокариотическим клеткам, эукариотические клетки также обладают механизмами предотвращения транскрипции. Репрессоры транскрипции могут связываться с областями промотора или энхансера и блокировать транскрипцию. Подобно активаторам транскрипции, репрессоры реагируют на внешние стимулы, предотвращая связывание активирующих факторов транскрипции.

Вкратце: Регламент эукариотического гена транскрипции

Чтобы начать транскрипцию, общие факторы транскрипции, такие как TFIID, TFIIH и другие, должны сначала связываться с боксом TATA и рекрутировать РНК-полимеразу в это место.Связывание дополнительных регуляторных факторов транскрипции с цис--действующими элементами будет либо увеличивать, либо предотвращать транскрипцию. Помимо промоторных последовательностей, энхансерные области помогают усилить транскрипцию. Энхансеры могут располагаться выше по течению, ниже по течению, внутри самого гена или на других хромосомах. Факторы транскрипции связываются с участками энхансера для увеличения или предотвращения транскрипции.

Практические вопросы

Для начала транскрипции требуется связывание ________.

белок
ДНК-полимераза
РНК-полимераза
фактор транскрипции

Ответ c. Связывание РНК-полимеразы необходимо для начала транскрипции.

Что произойдет в результате связывания фактора транскрипции с энхансерной областью?

снижение транскрипции соседнего гена
усиление транскрипции отдаленного гена
изменение трансляции соседнего гена
инициация рекрутирования РНК-полимеразы

Ответ б.Повышенная транскрипция отдаленного гена будет результатом связывания фактора транскрипции с энхансерной областью.

Мутация в промоторной области может изменить транскрипцию гена. Опишите, как это может случиться.

Мутация в промоторной области может изменить сайт связывания фактора транскрипции, который обычно связывается для увеличения транскрипции. Мутация может либо снизить способность фактора транскрипции связываться, тем самым уменьшая транскрипцию, либо она может увеличить способность фактора транскрипции связываться, тем самым увеличивая транскрипцию.

Что такое промоутер: кто это такой, чем занимается и карьерный рост

Кто такой промоутер? Секреты профессии. Услуги промоутера в Киеве

Услуги промоутера в Киеве

Кто такой промоутер и чем он занимается?

Кто такой промоутер?

Промоутер: чем он занимается

Кто такой промоутер? Где нужны промоутеры? | Creon – BTL-агентство полного цикла

Что делает промоутер?

Где нужны промоутеры?

Промоутеры. Кто такие промоутеры и чем они полезны?

промоутер, мерчендайзер и супервайзер — Work.ua

Мерчендайзер

Супервайзер

Кто такой промоутер? | Про профессии.ру

должностные обязанности и особенности работы

Должностные обязанности промоутеров

Сколько промоутеров необходимо для проведения промо-акции

Мотивация промоутера

Addgene: Promoters

Определение

Сводка

Промоутеры Регионы

Основной промоутер

Проксимальный промотор

Дистальный промотор

Эукариотические промоторы

Общие эукариотические промоторы, используемые в исследованиях

Бактериальные промоторы

Опероны

Общие бактериальные промоторы, использованные в исследованиях

Типы РНК-полимераз

Ресурсы

границ | DeePromoter: надежный предсказатель промоутера с использованием глубокого обучения

1. Введение

2. Материалы и методы

2.1. Набор данных

2.2. Конструкция отрицательного набора данных

2.3. Предлагаемые модели

3. Результаты и обсуждение

3.1. Показатели эффективности

3.2. Эффект отрицательного набора

3.3. Результаты и сравнение

4. Заключение

Авторские взносы

Финансирование

Заявление о конфликте интересов

Список литературы

Промоутерский регион у эукариот и прокариот

Прокариотические промоторы

Промоторы эукариот

Определение промоутера Merriam-Webster

Роль музыкального промоутера

Чем занимается музыкальный промоутер?

Как мне стать музыкальным промоутером?

Какова природа работы музыкального промоутера?

Какова функция промотора в транскрипции ДНК?

ДНК

Транскрипция

РНК

Промоторы

Регуляция генов транскрипции эукариот | Биология для майоров I

Результаты обучения

Промоутер и устройство для транскрипции

Энхансеры и транскрипция

Выключение генов: репрессоры транскрипции

Вкратце: Регламент эукариотического гена транскрипции

Практические вопросы

Добавить комментарий Отменить ответ